第一個被收拾的是薛舉。薛舉在蘭州稱帝，手下有十萬大軍，還曾打敗過李世民，氣焰囂張。西元618年八月，薛舉病死，兒子薛仁杲繼位。李淵派李世民去打，李世民知道薛仁杲驕傲自大，就故意堅守不出，耗了兩個月，把薛仁杲的糧草耗了，然後一戰定乾坤，活捉了薛仁杲，平定了西秦。

接著是劉武周。劉武周靠突厥支援，佔領了太原，還派宋金剛率軍南下，差點把李淵的老巢端了。李淵一開始派裴寂去打，結果裴寂是個文，本不會打仗，輸得一塌糊塗。李淵沒辦法，只好又派李世民出馬。李世民還是老辦法，深高壘，跟宋金剛耗了五個月，最後趁宋金剛糧草斷絕，一舉將其擊敗，收復了太原。

搞定了西邊和北邊，李淵把目投向了東邊的王世充和竇建德。西元620年七月，李世民率軍東征王世充，把圍了個水洩不通。王世充急了，派人去求救竇建德。竇建德也不傻，知道“亡齒寒”，就率十萬大軍來救。這下麻煩了，李世民陷了腹背敵的境地。

手下人都勸李世民退兵，可李世民卻說：“王世充現在就是甕中之鱉，竇建德遠道而來，疲勞不堪，咱們只要分兵，一部分繼續圍，一部分去打竇建德，就能兩全其！”於是李世民留李元吉繼續圍，自己帶三千銳，直奔虎牢關，迎戰竇建德。

西元621年五月，虎牢關之戰發。李世民先是堅守不出，等竇建德軍心渙散，然後親率銳，直衝竇建德的中軍大營。竇建德當時正在開會，沒防備，被唐軍殺得大敗，自己也被活捉了。王世充在城上看到竇建德被抓，知道沒希了，只好開城投降。這一戰，李世民一下子滅了兩個強敵，唐朝統一的大局，基本定了。

可就在李淵忙著平叛的時候，家裡的矛盾卻越來越深了——太子李建和秦王李世民，開始爭皇位了。

李建是老大，按規矩該當太子，可他知道自己的功勞不如李世民，心裡一直不安。李元吉是老四，跟李建關係好，也怕李世民當了皇帝自己沒好果子吃，就跟李建一起，針對李世民。他們先是在李淵面前說李世民的壞話，說他“功高蓋主，有不臣之心”；然後又收買李世民邊的人，想離間李世民和手下的關係；甚至還想下毒害死李世民——有次李建請李世民喝酒，李世民喝了之後，吐了好多，差點沒死了。

李淵也知道兩個兒子不對付，可他也沒什麼好辦法。一方面，他覺得李建是太子，不能隨便廢；另一方面，他又知道李世民功勞大，手下人才多，也不能委屈了李世民。於是他就想了個“折中”的辦法：讓李世民去，建天子旌旗，跟李建分治天下。可李建和李元吉不同意，說“要是讓李世民去了，就了第二個朝廷，到時候更難控制”，李淵一聽，又猶豫了，這事就不了了之。

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