清王敦軍營況後，司馬紹開始制定詳細的平叛計劃。他深知，王敦的叛軍兵力強大，如果正面拼，自己未必能佔到便宜，所以必須要用計。

司馬紹先是派人散佈王敦病重的訊息，以此來搖叛軍的軍心。同時，他又給王敦送去“九錫之禮”，表面上是對王敦的尊崇，實際上是在麻痺王敦，讓他放鬆警惕。而在暗中，司馬紹則積極調兵遣將，集結了一批銳部隊，準備隨時向王敦發起進攻。

在這場平叛戰爭中，司馬紹充分發揮了他的軍事才能和領導智慧。他親自指揮作戰，鼓舞著士兵們計程車氣。他對士兵們說：“我們是為了保衛國家、保衛百姓而戰，只要我們齊心協力，就一定能夠打敗叛軍！”士兵們聽了，都熱沸騰，紛紛表示願意為皇帝效命。

戰鬥打響後，司馬紹先士卒，衝鋒在前。他那獨特的黃髮在戰場上格外顯眼，士兵們看到皇帝都如此英勇，更是士氣大振。而王敦那邊，由於軍心已經被司馬紹之前的計謀所搖，再加上士兵們對這場叛本就心存疑慮，所以在晉軍的猛烈攻擊下，很快就陷了混。

最終，王敦的叛軍被打得大敗，王敦也在軍中病逝。這場威脅東晉政權的叛，在司馬紹的心策劃和指揮下，僅用了短短幾個月的時間就被功平定。

平定王敦之後，司馬紹並沒有沉浸在勝利的喜悅中，他深知，東晉的問題遠不止一個王敦那麼簡單。為了重振皇權，改變東晉被門閥士族控的局面，司馬紹開始了一系列大刀闊斧的改革。

他首先從人事任免手，規定“州郡長不得任用本族子弟”，試圖打破士族壟斷場的局面，為寒門子弟提供更多的晉升機會。有一次，吏部尚書想提拔自己的侄子擔任重要職，司馬紹直接駁回了他的請求，嚴肅地說：“要想得到重用，必須靠自己的真才實學和政績，不能靠帶關係。先讓他從基層做起，做出績再說。”

司馬紹還親自到太學選拔人才，破格錄用了幾個出寒門但才華出眾的儒生。他對這些儒生說：“朕不拘一格用人才，就是希你們能夠為國家的發展貢獻自己的力量，不要辜負朕的期。”這些舉措，雖然在一定程度上了士族的利益，但也為東晉朝廷注了新的活力。

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