不過，司馬師可不會因為一次失敗就一蹶不振。嘉平五年（253 年），吳國太傅諸葛恪率大軍二十萬進攻淮南，圍困合新城。曹魏朝廷上下都慌了神，擔心吳軍分兵進攻淮泗地區，主張派兵多防守。但司馬師卻冷靜分析，認為諸葛恪剛剛執掌吳國朝政不久，為了穩定自己的權力，一定會急於取得勝利，所以他只會集結兵力攻打合新城，不會分兵。於是，他讓毋丘儉與揚州刺史文欽率領重兵，在合新城抵抗諸葛恪的進攻。

諸葛恪久攻不下，毋丘儉、文欽請求出戰，司馬師又認為諸葛恪的軍隊輕裝遠征，絕境，戰鬥力很強，不宜出城戰，合新城小而堅固，應該據城堅守，以消耗敵軍。他命令諸將深高壘，閉城不戰。兩軍相持數月，諸葛恪的軍隊疲憊不堪，士兵死傷大半。這時，司馬師才命令文欽率領銳部隊阻斷諸葛恪的退路，讓毋丘儉率領大軍隨其後發進攻。最終，諸葛恪兵敗撤退，文欽半路阻擊，大破敵軍，斬首萬餘級。這場戰役，充分展現了司馬師卓越的軍事謀略和戰略眼，就像下棋一樣，每一步都算得很準。

正元元年（254 年），司馬師的權力之路迎來了一次重大挑戰。魏帝曹芳不滿司馬師專權，暗中與中書令李、祿大夫張緝、黃門監蘇鑠等人謀發政變，打算廢黜司馬師，改立太常夏侯玄為大將軍。這要是換了一般人，聽到這個訊息不得嚇得屁滾尿流，但司馬師可不是吃素的，他提前得知了這個訊息，來了個先下手為強。

他派遣舍人王羨駕車去迎接李，李迫於無奈只能去見他。司馬師一見到李就開始斥責他，李知道事敗，也破罐子破摔，口出惡言，司馬師哪能忍這個，一怒之下命令士兵將李刀殺死，隨後又下令逮捕夏侯玄、張緝等人，全都夷滅三族，手段相當狠辣。這還沒完，同年三月，司馬師迫曹芳廢黜皇后張氏，改立皇后王氏，進一步鞏固了自己在宮廷中的勢力。

但司馬師覺得這樣還不夠保險，同年九月，他和郭太后合作，直接廢黜了曹芳為齊王，另立東海定王曹霖的兒子高貴鄉公曹髦為帝，改年號為正元。這一系列作下來，司馬師功消除了部的反對勢力，鞏固了司馬氏對曹魏朝政大權的控制，但同時也引起了更多人的不滿和反抗，其中最代表的就是毋丘儉和文欽的叛。

正元二年（西元 255 年）正月，鎮南將軍毋丘儉、揚州刺史文欽在淮南舉兵反叛，他們假傳太后懿旨討伐司馬師，還把司馬師的罪狀寫檄文，傳示各州郡，一時間，淮南地區局勢大。這毋丘儉和文欽可不是小角，他們脅迫駐守淮南的各營將士在城西設土壇歃為盟，還各自派遣兒子前往吳國作為人質，換取吳國派兵救應，準備和司馬師來一場大決戰。

司馬師得知叛訊息後，召叢集臣商議征討之事。朝議中，大部分人認為應該派遣諸位將領率軍前往征討，但尚書胡嘏、中書侍郎鍾會等人勸諫司馬師親率大軍出征。司馬師心裡也清楚，自己廢帝的行為已經讓朝野外不滿和驚懼，如果不親自出徵，一旦戰事失利，自己的地位就岌岌可危了，於是他決定抱病東征。

當時，司馬師的眼睛患有瘤疾，剛剛讓醫生割掉瘤疾，還很虛弱。但他為了穩定軍心，強撐著出征。在戰鬥中，文欽的兒子文鴛勇猛異常，率軍前來襲軍營，司馬師被嚇得不輕，眼睛突出眼眶。但他就像沒事人一樣，矇住被子強忍住疼痛，當時疼得把被子都咬破了，可屬下都不知道他的傷，這心理素質，簡直強得離譜。

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