在功解決高木警被綁架一案後，柯南和夥伴們還未來得及好好息，新的風雲又起。知名舞臺劇演員牧樹裡收到了怪盜基德的預告函，所擁有的珍貴珠寶“命運的寶石”——一枚璀璨奪目的藍寶石戒指，被基德鎖定為目標。令人驚訝的是，這封預告函竟是送給工藤新一的。

利偵探事務所接到了牧樹裡的委託，利小五郎毫不猶豫地接下了保護寶石的工作。他戴上老花鏡，將預告函平鋪在桌面上，仔細地研究每一個字，又結合怪盜基德過往的作案風格，反覆權衡後推斷基德會在舞臺劇演出的最後一天盜取寶石。“基德那傢伙，總是喜歡在最關鍵的時候出手，製造出最轟的效果，這次也不會例外。”利小五郎著下，自信滿滿地說道。

演出的最後一天，利小五郎、小蘭和柯南邀來到劇場觀看舞臺劇。與此同時，工藤夜一和灰原哀也替代邀的工藤優作和工藤有希子來到了現場。劇場燈璀璨，舞臺上的演員們正在進行著彩的表演，華麗的服飾和人的劇吸引著觀眾們的目。就在眾人沉浸在彩的舞臺表演中時，怪盜基德竟大膽地假扮工藤新一現了。柯南一眼就識破了基德的偽裝，畢竟他自己就是工藤新一隻是被灌了毒藥而已。可他既要保護寶石，又不能過暴份去拆穿基德，只能地盯著這個假工藤新一，一刻也不敢鬆懈，他的眼神彷彿能察基德的每一個意圖。

舞臺上的劇逐漸走向高，演員們的表演愈發投，臺下的觀眾也看得如痴如醉。而臺下的柯南神經卻繃到了極點，他的手心微微出汗，時刻警惕著基德的行。就在舞臺劇落幕前，假工藤新一突然消失在眾人的視線中。柯南立刻追了上去，然而劇場人群湧，混不堪，人們在散場時相互推，柯南在追逐過程中還是讓基德逃了。就在大家以為寶石已經失竊時，工藤夜一卻巧妙地讓“命運的寶石”得以保全。原來，工藤夜一早就察覺到了基德的計劃，他過對基德過往作案手法的研究以及現場的一些細微線索，提前做出了防範。在基德手之前，他就採取了行，功守護住了寶石。“哼，想在我眼皮子底下走寶石，基德，你還了點。”工藤夜一角微微上揚，出一得意的笑容。

牧樹裡對利偵探一行以及工藤夜一、灰原哀的幫助激不已，為表謝，邀請眾人前往北海道函館的別墅度假，同行的還有其他幾位舞臺劇演員。眾人欣然接了邀請，一同搭乘飛機前往函館。飛機平穩地飛行在高空中，機艙一片祥和。乘客們有的在輕聲談，有的在閉目養神，過窗戶灑在人們上，營造出一種寧靜的氛圍。

然而，這份平靜並沒有持續太久，一場心設計的殺人劇悄然在機艙裡上演。一名演員被發現死在了飛機的衛生間裡，現場呈現出室狀態，這讓整個機艙瞬間陷了恐慌。乘客們的驚呼聲此起彼伏，恐懼的緒在機艙迅速蔓延。柯南意識到，自己不僅要時刻警惕怪盜基德再次混人群盜取寶石，還要解開這起復雜的飛機室殺人事件。

柯南迅速冷靜下來，他宛如一位經驗富的老偵探，有條不紊地開始勘查案發現場。他蹲下，仔細觀察死者旁的奇怪末，那些末呈現出一種奇異的淡藍，在燈下閃爍著微弱的澤。死者的表似乎也出一驚恐，雙眼微微瞪大，微微張開，彷彿在臨死前看到了極其可怕的東西。同時，衛生間的門鎖有被破壞的痕跡，但卻不像是強行撬開的，鎖芯的劃痕十分整齊，像是用一種特殊的工造的。柯南在周圍尋找線索時，還發現了一枚不屬於死者的紐扣，紐扣材質看起來頗為高檔，上面刻有緻的花紋，應該來自一件昂貴的。

工藤夜一則在機艙四詢問其他乘客，試圖從他們的口中獲取一些有用的資訊。他穿梭在狹窄的過道中，耐心地與每一位乘客流。他了解到，死者生前與同劇組的一位演員曾有過激烈的爭吵，原因似乎是關於角的競爭。那位演員一直出演主角，但死者卻憑藉出的演技和人脈關係獲得了這個機會，兩人為此產生了極大的矛盾。而這位與死者爭吵的演員，在案發後神顯得格外張，一直低著頭，不敢與他人對視。

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