另外，對於接下來小琉球的安置也有了考慮，朱慎錐決定趁此機會正式把小琉球納大明統治之下，在小琉球設定府，進行有效統治。

在這種況，再稱其小琉球已不合適了，而用古代的夷州或東番同樣不合適。這些名字一聽起來就不屬於中國之地，反而把它從大明在稱呼上分割了出來。所以思來想去，朱慎錐最終還是依照後世的稱呼選擇了小琉球的另一個名字，就是臺灣。

定下了名分，那麼就要考慮的統治實施。朝廷接下來會在臺灣設府，臺灣設府後，會在臺灣府下設定三個縣，這三個縣分別是臺灣、山、諸羅。這點倒和歷史上清朝收復臺灣後對臺灣的行政劃分相同。

倒不是朱慎錐沒考慮過直接在臺灣設省，並在其下設兩府和更多的縣，可現在的臺灣本不是後世的臺灣，整個臺灣島人口並不算多，在臺灣的大明人只有區區五萬人左右，而且除了在島上居住和耕作漁獵為生的明人外，還有近六萬左右的當地生番，全部人口加起來也不過十一萬出頭而已。

這麼點人普通大明一個大縣就比其還多，臺灣除目前南部地區尚可，再加上荷蘭人統治時期修築的熱蘭遮城和安東尼堡為據點，在其周邊進行開墾和管理外，其餘地方大部分都是人煙稀甚至還沒人涉及的蠻荒區域。

鑑於這個實際況，別說是設府了，就算是設個州都是勉強，之所以設府也是考慮到後續對臺灣的開放所至，只有等到臺灣進大開發階段，整個臺灣的有效統治區域不斷增大，人口達到一定數量後，朝廷才會逐步考慮對其進行升級。

臺灣府的設定後，行政未來歸屬於福建省管轄，但因為臺灣府的特殊地理位置和實際況，同時也會到中央的雙重管轄。未來大明會從陸地逐步走向海洋，臺灣作為大明最大的海島佔據了南海重要的地理位置，其重要意義不言而喻。

此外，朝廷在臺灣設定駐軍時還會考慮到臺灣的軍事、經濟、貿易等各方面因素，加強對臺灣的政策扶持和有效管理。但不管怎麼做，前提是要有一個靠得住的能臣去臺灣主政，對此朱慎錐有些饒頭，一時間不知讓誰去當這個知府好。

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